Cuando los retornos de carro son un problema

En MSDOS las líneas de texto están delimitadas por los caracteres ASCII 10(LF) 13(CR). En Unix se usa CR. Esto crea un curioso problema cuando generas un fichero en MSDOS y quieres usarlo en una aplicación en Unix. Hace poco me enfrenté con este problema al instalar un jboss en Unix y desplegar un fichero .war de aplicación realizado en Windows. El resultado es que no se enteraba excesivamente bien del final de línea en el Unix, con los consiguientes problemas.