¿Puede un protocolo ser GPL y afectar al programa que lo implementa?

Es conocido que el Protocolo que usa MySQL es propietario, y está cubierto por la GPL (?). Según al entrada del wiki a la que se hace referencia, consideran el protocolo como parte de un programa con dicha licencia, y por tanto, teóricamente, si implementa el protocolo, automáticamente la licencia que debería usar debería ser compatible con la GPL.

Sin embargo, desde mi punto de vista esto plantea varios problemas:

• Si se acepta que la licencia de un determinado programa, se extiende a los protocolos y clientes que se conectan, cualquiera que se conecte a cualquier tipo de servidor se ve limitado en su licencia. Si por casualidad, la gente de MySQL AB intentara hacer valer esta cláusula, automáticamente, Microsoft haría valer sus derechos sobre el protocolo CIFS y tendríamos el fin de Samba. Se le daría un arma muy fuerte para todos aquellos que defienden formatos cerrados.
• Llevando la razón anterior, no podría conectarse con un servicio de red GPL, cualquier software cuya licencia no fuera compatible con dicha licencia.

Desde mi punto de vista un protocolo nunca puede verse protegido por una licencia de este tipo. O es un secreto comercial, y por tanto, por cuestiones de interoperatibilidad está sujeto a la posibilidad de ingeniería inversa, o bien está patentado, y por tanto, estarían usando el sistema que tanto se critica desde el soft libre de las patentes.

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