No sé si habéis tenido la mala suerte de tener que depurar algún problema de git que usa ssh para interactuar con el repositorio remoto. Para poder depurar este tipo de problemas o bien pasar opciones especiales al comando ssh, dentro de las variable de entorno que se pueden configurar en git está GIT_SSH_COMMAND, dependiendo de la versión. Por ejemplo, si queremos ver cual es la conexión ssh, se puede llamar a git así:
env GIT_SSH_COMMAND="ssh -vvv" git fetch
El ejecutar este comando se podrá ver una salida similar a la siguiente - en este ejemplo conectándose al git de SourceForge
...
OpenSSH_7.4p1, LibreSSL 2.5.0
debug1: Reading configuration data /Users/terron/.ssh/config
debug1: /Users/drizzt/.ssh/config line 91: Applying options for git.code.sf.net
debug1: Reading configuration data /etc/ssh/ssh_config
debug2: resolving "git.code.sf.net" port 22
debug2: ssh_connect_direct: needpriv 0
debug1: Connecting to git.code.sf.net [216.34.181.155] port 22.
debug1: Connection established.
...
Otro ejemplo de uso, si se quiere especificar la clave se puede usar la siguiente orden:
env GIT_SSH_COMMAND="ssh -i ~/.ssh/clave.pem" git fetch